SCIA in sanatoria?

Gentile consulente buongiorno.
Essendo interessato alla riqualificazione energetica di una mia casa ho incaricato un ingegnere esperto al fine di valutare la fattibilità e quindi fare la verifica preliminare di assenza di abusi edilizi. E’ emerso che, in occasione di un intervento di ristrutturazione e ampliamento, di quello che era un rustico agricolo, effettuato nel 1977 dal precedente proprietario, 7 anni prima che io lo acquistassi, erano stati commessi degli abusi sanabili: una portafinestra originariamente prevista è stata trasformata in finestra di minori dimensioni, una finestra originariamente prevista non è stata realizzata. Trattandosi di una casa in zona a protezione paesaggistica della Lombardia è stata quindi presentata una domanda di accertamento della compatibilità paesaggistica che è stata accolta dallo stesso Comune dopo due mesi con parere favorevole, previo pagamento di una sanzione di 500 euro, parere subordinato a quello della Sovrintendenza Lombarda. Lo stesso comune comunicava tre mesi dopo che tale Sovrintendenza aveva essa pure espresso parere favorevole, con silenzio assenso. Il tecnico da me incaricato ha presentato quindi domanda di SCIA in sanatoria allo stesso Comune e ho pagato la sanzione minima prevista, di 520 euro. Sta di fatto però che dopo quasi due mesi, a circa una settimana dalla scadenza prevista, il Comune stesso non ha ancora risposto. Qualora la risposta fosse negativa mi aspetto di conoscere la motivazione. E qualora non ci fosse risposta? A me parrebbe che, nel mio caso, si tratterebbe di una inadempienza, anche se qui in Lombardia sembrerebbe prevalente la tesi del diniego. Quale è la Vostra opinione? Quali iniziative potrei prendere? Grazie e cordiali saluti.
Giuseppe