Fattura in ritardo con aumento IVA

in teoria lei ha ragione: e' un aggravio impositivo che avrebbe potuto evitare, ma la legge stabilisce che vale l'aliquota del momento in cui viene fatta la fatturazione. Tuttavia se non le hanno conteggiato (come doveroso) interessi sugli importi delle mancate fatture, lei potrebbe aver usufruito di un vantaggio finanziario quasi equivalente, per la posticipazione dei pagamenti.
Lei dovrebbe comunque poter richiedere una rateizzazione dell'importo: verifichi sul contratto in essere.