Contratto di appalto per lavori privati. Applicazione Penali e lavori extra

Salve, ho concluso la ristrutturazione di un appartamento con un'impresa che mi ha fatto davvero penare per i lavori. Alla fine i lavori sono stati portati a termine con oltre 40 giorni di ritardo. Ho comunicato all'impresa che avrei applicato le penali che avevamo concordato sul contratto. Con la stessa impresa avevo concordato dei lavori extra (installazione di 2 clima)da inserire in fattura extra a termine dei lavori. Al momento del pagamento finale ho comunicato all'impresa la mia volontà di pagare in toto gli extra concordati, ma che sull'ultima fattura avrei applicato la penale e pertanto la somma dovuta era pari a 0 (Originariamente sarebbe dovuta essere di 1400 euro più iva).
L'impresario per tutta risposta mi ha inviato una serie di fatture con lavori "extra" che ha effettuato, al fine di azzerare la mia penale e in più richiedere ulteriori 200 euro. I lavori extra segnalati dall'impresario sono in realtà piccole variazioni in corso d'opera che si sono resi necessari e per i quali non è mai stato nè richiesto nè concordato alcun costo. Al contrario per l'installazione dei climatizzatori (lavoro extra contratto) era stato concordato un extra da 500 euro, per iscritto via email tramite la direzione dei lavori, affidata ad un architetto di mia fiducia. Come devo procedere?
L'impresario minaccia di non rilasciarmi le certificazioni (elettrica, impianto del gas e idrico) e di far valere il suo credito, nonchè di segnalare alle autorità competenti (credo società gas ed elettrica) che non sono in possesso delle certificazioni per morosità. In realtà io ho copia delle certificazioni ricevute via email, in quanto le avevo richieste come garanzia durante il pagamento dei vari avanzamenti dei lavori. Ho sempre pagato le fatture il giorno stesso in cui mi sono state emesse, nonostante l'impresario sia letteralmente sparito per settimane, non rispondendo neanche al telefono per
settimane.
Non sono intenzionato a pagare gli extra da lui segnalati perchè sono stati creati ad hoc per rientrare nelle penali (ad esempio mi ha messo in fattura l'uscita dell'idraulico dell'impresa in assistenza all'idraulico condominiale dopo che erano state danneggiate le tubazioni condominiali in seguito alla rimozione del vecchio impianto). Inoltre nel contratto avevo inserito le famose clausole che mi consentono di apportare varianti fino a 1/6 del valore del contratto (che è di 14.000 Euro).
Come è più opportuno procedere?
Francesco, da Cesano Boscone (MI)