condono edilizio

Salve, vorrei porvi alla vostra attenzione il seguente quesito.
Per un condono edilizio del 1985 il comune richiedeva al proprietario alcune integrazioni per chiuderlo definitivamente nonostante avesse pagato tutto il dovuto e il proprietario non adempieva; adesso dopo la sua morte e fatta la successione i nuovi proprietari venuti a conoscenza di tutto ciò rispondevano al comune con le integrazioni che richiedevano (tra cui un calcolo strutturale statico ecc ecc). Dato che esiste un vincolo paesaggistico il tutto andava in commissione per il Paesaggio dove esprimevano un parere favorevole alle opere in sanatoria quindi la trasmettevano alla soprintendenza il quale però negava dando un parere negativo alla realizzazione dell'opera. I proprietari allora procedevano a richiedere una nuova valutazione dove aver rimosso alcuni tamponamenti in lamiera e rimosso la tettoia in eternit che erano ritenuti ostativi per ottenere un parere favorevole, e dopo un esauriente commissione per il paesaggio dove il comune dichiarava che le nuove opere erano conforme e molto migliori del precedente esame e che quindi davano un altro parere favorevole la soprintendenza dava ugualmente un parere contrario non supportato però da sufficienti spiegazioni. Vorrei sapere quali iniziative intraprendere adesso ricorso al TAR? ricorso straordinario al presidente della Repubblica? Quali sono i termini di tempo per poter ricorrere? Un ricorso all'uno o all'altro non pregiudica poi un nuovo ricorso in caso di bocciatura?
Grazie
Saluti.
Luca, da Lastra A Signa (FI)