Burocrazia italiana e ingresso del familiare al seguito

Gentili amici di Aduc, sono una cittadina italiana recentemente sposata con un peruviano. Abbiamo deciso di fare i documenti necessari per sposarci in Peru per poter registrare il matrimonio all'ambasciata e partire insieme per l'Italia. Preparato il tutto, dopo aver ottenuto l'atto di matrimonio lo abbiamo legalizzato e tradotto. Prima di consegnare tutto all'ambasciata ci siamo accorti che nel documento compilato dal comune in cui ci siamo sposati avevano inserito invece del mio comune di nascita quello di residenza e sapevamo che questo avrebbe pregiudicato il tutto. Siamo tornati in Comune e l'impiegata ha cambiato il nome della citta' di residenza con quello della mia regione di nascita poiche' nei registri da loro posseduti con i codici delle varie citta', la mia nativa non appariva (essendo piccola e poco nota). HO protestato, temendo complicazioni in ambasciata ma non ha potuto fare altro. Al momento della consegna dei documenti, la funzionaria dell'ambasciata mi ha detto che sarebbe stato meglio lasciare solo ITALIA EUROPA e non aggiungere il nome di nessuna regione perche' il comune in cui ho chiesto la trascrizione (MILANO) potrebbe rifiutare la documentazione e inviarla nuovamente in Peru'. Puo' davvero accadere? E in tal caso come potrei mostrare in Italia (aspettando che in Peru' vengano apposte le dovute modifiche) che mio marito hai diritti riconosciuti al coniuge di un cittadino UE? Ho bisogno di una indicazione urgentemente!!! Vi ringrazio anticipatamente.
Maria, da Milano