Rifiuto fattura ingiusta

Nel Giugno 2009 ho sottoscritto un contratto per progettazione ed installazione "chiavi in mano" di un impianto fotovoltaico. Unitamente al contratto che definiva tempi e modi di pagamento mi è stato anche consegnato il relativo progetto. Durante l'esecuzione dei lavori mi sono accorto che non veniva seguito il progetto ma apportate modifiche e non venivano rispettate le precise indicazioni di montaggio delle ditte costruttrici. Ho fermato i lavori, convocato il responsabile Ingegnere e proprietario della ditta appaltatrice ed ho preteso il rifacimento dei lavori dall'inizio, come previsto dal progetto preliminare. L'impianto doveva essere totalmente integrato nel tetto, quindi rimosse le tegole e sostituite con manto impermeabilizzante. Tale procedura, eseguita non conformemente a quanto stabilito in progetto in prima fase e non a regola d'arte in sede di rifacimento ha provocato infiltrazioni di acqua e danno all'edificio. Ho preteso logicamente che tutto fosse ripristinato nel modo più opportuno e terminato l'impianto, sovrintendendo personalmente (dopo aver studiato tutti i manuali di installazione e consultato le ditte produttrici), esattamente come da progetto preliminare.
L'impianto prevedeva un sistema di monitoraggio ed invio dati che a tutt'oggi non funziona integralmente. Ho pagato regolarmente tutte le fatture per un totale di circa 22.000,00 euro come da contratto ed ora mi vedo recapitare con raccomandata due fatture: una relativa alla messa in servizio dell'impianto di monitoraggio ed una per tutto ciò che NON previsto dal contratto. Di fatto mi chiede di pagare i costi del rifacimento dei lavori a causa degli errori dovuti ad imperizia e negligenza di responsabile dei lavori ed esecutori.
Ho impegnato moltissime ore di studio ed anche ore di lavoro manuale per seguire fisicamente l'esecuzione corretta dei lavori, ho corretto errori esecutivi studiando i manuali di installazione, ho avuto danni morali e materiali, ho rinunciato a giorni di ferie, ho dovuto rinunciare a prendere clienti nel mio B&B a causa della presenza del ponteggio davanti a casa, ho avuto il disagio del ponteggio per 40 giorni più del previsto. Come posso procedere per rifiutare le fatture per le quali, tra l'altro, mi intima di pagare entro dieci giorni?
Sono in possesso di documentazione fotografica di tutto l'accaduto ma l'unico mio testimone è mia moglie.
Come devo procedere? La ditta può farmi ingiunzione di pagamento ed io essere costretto a pagare e basta?
Roberto, da Domodossola (VB)