Pagare una fattura contestata INFOSTRADA

Salve,
mi è arrivata l'alro giorno una fattura comprensiva dei costi di "migrazione" che più volte avete comunque detto dover essere giustificati (cosa che non sono in questo caso). Il comportamento che dovrei avere è il contestare la fattura e si ha tempo fino a 45 giorni (dal giorno di emissione della fattura) a contestarne gli importi, ma il problema è che la scadenza della fattura è tra pochi giorni.
Il problema è quindi il seguente: la data di scadenza è da ritenere valida anche nel caso in cui la fattura venga contestata per gli importi? Devo quindi pagare la fattura e poi chiederne rimborso o non pagarla e aspettare che la contestazione abbia seguito?
Vico, da Moncalieri (TO)