Lettera del consumatore

A marzo ho prenotato un viaggio per i Caraibi, con partenza da Malpensa.
Per evitare le scomodità dello spostamento allo scalo lombardo, ho anche comprato i biglietti di andata e ritorno dall'areoporto di Bologna per Malpensa con la compagnia Alitalia.
Il giorno della partenza, a causa di uno sciopero dei piloti, Alitalia ha annullato il volo verso Milano: ho dovuto provvedere con mezzi miei al raggiungimento di Malpensa, da cui ho proseguito regolarmente col viaggio.
A questo punto, anche dietro consiglio dell'agenzia di viaggio presso cui avevo fatto le prenotazioni, non ho usufruito nemmeno del ritorno da Malpensa a Bologna.
Ad oggi Alitalia non mi ha rimborsato dell'importo preventivamente pagato: l'agenzia dice che c'e' una clausola nel contratto che stabilisce che la compagnia aerea non rimborsa i biglietti se i voli sono annullati a causa di forza maggiore (fra cui e' elencato lo sciopero).
E' corretto questo? Per che cosa ho pagato? Con chi posso cercare di rivalermi? Con l'agenzia (con cui sono peraltro in ottimi rapporti) o direttamente con l'Alitalia? O devo rassegnarmi?