Iva pagata in ritardo

Salve, nel 2005 ho ritardato il pagamento di due Iva di cinque giorni cadauna una di ¤ 700 e l'altra di ¤2500, ora mi è arrivato da pagare 339¤. Leggendo in giro per internet ho visto che il ritardo fino a 30 gg applicano il 3,75%, il mio commercialista aveva detto che non potevo fare altro che aspettare che arrivasse la mora perché ormai avevo pagato l'importo giusto senza mettere l'aumento per il ritardo. Volevo sapere gentilmente se nel 2005 visto le cose potevo pagare a parte il ritardo dei 5 giorni o se il commercialista mi aveva consigliato giusto di aspettare quello che oggi ho da pagare.
Grazie
Andrea, da Legnago (VR)