Conversione del permesso di soggiorno

Vivo in Italia da sei anni. Mi sono laureata a Bologna in Economia e Professione il 7.11.07. Dopo la laurea ho seguito un Master annuale presso l'università di economia a Bologna. Il mio problema è sorto solo alcuni giorni fa in quanto io ho fatto la richiesta di rinnovo del permesso di soggiorno per motivi di studio ad aprile 2008. Ho presunto che la mia iscrizione al master fosse sufficiente per un rinnovo annuale del mio permesso scaduto il 31.03.2008. Prima di finire il master sono stata assunta da una società di revisione. In quanto la mia pratica era ancora in istruttoria non ho potuto fare la richiesta per la conversione in permesso di lavoro, ma ho sottoscritto il contratto di soggiorno e il contratto di lavoro il quali sono stati inviati dal mio datore di lavoro allo sportello unico per l'immigrazione a Bologna. Non sono stata contattata da quest'ultimo. Un mese fa la questura di Bologna mi ha contattata chiedendomi l'iscrizione alla laurea specialistica per integrare la mia pratica in quanto era già passato il termine per rilasciarmi il permesso in corso di validità basandosi su la mia iscrizione al Master. Trovandomi in questa situazione mi chiedo come posso procedere per convertire il mio permesso di soggiorno per motivi di studio in permesso di lavoro. Se posso procedere anche se il mio permesso è ancora in istruttoria. Come posso fare?? Quel' è la normativa alla quale posso fare riferimento? Sono molto preoccupata per questa situazione e non so a chi rivolgermi in quanto in questura non riescono a darmi una soluzione dicendomi che la richiesta di conversione viene fatto solo con un permesso valido.
Grazie,
Distinti saluti!
Maresla , da Bologna (BO)