Acquisto seconda casa: su cosa si calcola imposta di registro?

Volevo un parere ad un mio problema per l'acquisto di una seconda casa.
il mio problema deriva dal fatto che ho acquistato una casa da ristrutturare al prezzo di 54.000, prezzo di mercato.
Il problema è che catastalmente risulta un valore di gran lunga superiore, per l'esattezza oltre 80.000 euro.
Il notaio mi ha obbligato (pena il rifiuto di procedere con la compravendita) a calcolare l'imposta di registro sul valore catastale e non sul prezzo pagato, risultato un esborso di 3.000 di imposta di registro in piu'.
Io ritengo che non è giusto questo, per cui sono intenzionato a procedere legalmente contro il notaio.
Gradirei se qualcuno competente mi dia un parere a tal riguardo.
Premetto che conosco un po la materia fiscale, pero non sono ferrato in materia di compravendita di immobile e imposta di registro, pero ho letto che il fatto di calcolare l'imposta sul valore catastale è un'agevolazione che il fisco da al contribuente quando il prezzo dell'immobile supera il valore catastale, pero' non puo' essere a sfavore dell'acquirente quando per motivi di mercato il prezzo dell'immobile è al di sotto del valore catastale, come nel mio caso.
Nistagi