Ciao, volevo chiedere se in caso di trasferimento con diversa intestazione l'imposta sostitutiva(lato cliente) viene addebitata dalla vecchia banca mentre dalla nuova non viene accreditato nulla ?

Esatto, se cambia l'intestazione nessun rimborso ma viene calcolato il nuovo prezzo di carico.
Non hai perso niente, diciamo che hai pagato in anticipo quell'imposta con la vecchia banca.