Salve Achraf,
se sei coniuge di cittadina italiana hai diritto alla carta di soggiorno ex art. 10, DLGS 30/07, norme sulla libera circolazione e soggiorno dei cittadini dell'Unione Europea e dei loro famigliari anche di cittadinanza extraue.
Questo diritto viene meno solo se interviene il divorzio o l'annullamento del matrimonio. Inoltre, hai dei figli di cittadinanza italiana.
Sulla questione della carta di soggiorno non escludo che la Questura ti possa fare dei problemi. Puoi decidere di presentare la domanda e fare un eventuale ricorso sul rigetto. Se non intendi dare battaglia, puoi sempre chiedere un permesso di soggiorno per motivi di famiglia ex art. 30, co. 1 ,lett. d) del T.U. 286/98, che prevede un permesso per motivi di famiglia al genitore naturale di cittadini italiani. A maggior ragione tu sei genitore legittimo e naturale. E' un permesso che prescinde da ogni requisito di reddito o alloggio. Infine, se lavori ed è intervenuta separazione legale puoi sempre chiedere la conversione del permesso in motivi di lavoro. Ribadisco, però, che in qualità di padre di cittadini italiani, che non ha perso la patria potestà, come nel tuo caso, hai diritto all'applicazione dell'art. 30, co. 1, lett. d). Può anche darsi che la tua Questura ti riconosca il diritto alla carta di soggiorno e quindi tutto si risolverebbe.